5.人類補完計畫是什麼？
討論這作品時最難被理解的就是人類補完計畫。許多隱晦的對白，謊言與陰謀錯綜複雜，導致全貌模糊不清。可歸類為以下兩種：
(1)SELLE想達成的人類補完計畫 (想要全人類的精神合而為一消除所有歧見，偉大的宏願)
(2)碇源堂自己偷偷進行的人類補完計畫 (利用SELLE的計畫想再見到死去的妻子碇唯，只為了一己之私)
5-1.SELLE策畫的人類補完計畫
(1)SELLE是本作品中在幕後支配全人類的宗教組織，碇源堂的NERV也在SELLE的管轄之下。
(2)白之月帶來的其實不只亞當，還發現一把隆基努斯之槍，以及死海文書。 (這些都與基督教無關，只是借用聖經的名字)
(2-1)隆基努斯之槍：可以發動「反AT力場」中和使徒的AT力場，封印不聽話的使徒，可視為亞當管理其他使徒的道具。
(2-2)死海文書：紀錄使徒的生態、隆基努斯之槍的用途、預言未來這星球的命運，可視為亞當降落地球後管理這世界的操作手冊。
(2-3)SELLE很賊地只公布死海文書中一些無關緊要的資訊，真正重要的預言沒有公布 (重要的部分被稱為裏死海文書)
(3)SELLE長年來一直感嘆人類的缺陷，一直希望讓全人類進化成完美的物種。
(4)SELLE從死海文書中發現將人類還原成LCL的方法，讓全人類合而為一，SELLE認為這就是人類需要的進化。
(5)預言中告知亞當為首的使徒們將引發第三次衝擊消滅全人類，以重新獲得地球的掌控權。
(6)因此SELLE決定比使徒更早發動第三次衝擊，先消滅使徒奪取使徒的生命之果，以最完美的狀態回歸成LCL達成全人類的進化。
5-2碇源堂偷偷策畫的人類補完計畫
(1)SELLE的下屬組織NERV指揮官碇源堂，原本也是贊同SELLE版的人類補完計畫。
(2)但在初號機開發實驗中，妻子碇唯的靈魂與肉體都與初號機同化。
(3)傷心欲絕的碇源堂無論如何都想再見妻子一面，有了與SELLE不同的構想。
(4)SELLE希望全人類化做LCL達到精神合一的完美狀態，碇源堂想的是讓其他人類化做LCL，自己直接成為神，保有自我意識又能與妻子的靈魂共處。
(5)SELLE與碇源堂的版本雖然目的不同，但消滅來亂的使徒這點上利害關係是一致的。
6.西元2000年第二次衝擊的真相？
(1)西元1999年，SELLE派出葛城調查團(葛城美里的父親)前往南極調查白之月，遭遇第一使徒亞當。
(2)此時已經打撈到隆基努斯之槍與死海文書，SELLE用隆基努斯之槍封印亞當，把亞當還原成卵帶回家研究。
(3)西元2000年在南極針對亞當的實驗中，亞當突然醒來暴走，過程中引發了實驗室的炸彈，消滅了亞當以及全世界半數人口。
(4)西元2000年9月13日，南極洲消滅，地軸傾斜，日本只剩下夏天。史稱第二次衝擊。
(5)為了迎戰因為第二次衝擊醒來的其他使徒，SELLE決定複製亞當與莉莉絲的身體，開發出福音戰士零號機、初號機、二號機。
7.綾波零是誰？
(1)非常思念妻子的碇源堂，以妻子的DNA製造的複製人。
(2)靈魂使用了莉莉絲的靈魂 (本作品世界觀中，肉體跟靈魂是可以分離的)
8.電視版後期出現的渚薰是誰？
(1)他是SELLE製造的人造人，將亞當的靈魂置入肉體中，成為第17使徒。(真正的第17使徒應該是覺醒前就被SELL殺害)
(2)SELLE發現碇源堂自己亂搞，派出渚薰闖入NERV總部最下層，想搶先發動第三次衝擊。
(3)結果渚薰到了最下層，以為能回歸亞當的肉體，發現卻是莉莉絲，失望之餘也放棄了與人類的鬥爭，將未來讓給了人類，自己選擇滅亡。(3-1)亞當身為另一物種的始祖，卻只能到處被壞心的人類利用，純粹的心靈可能受到不少傷害，而放棄了這場種族戰爭。(推測)
下回預告：第三次衝擊是什麼？
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